Zotero 환경설정을 통해 기능 중 많은 부분이 개인화 등의 설정이 가능하다. 환경설정 메뉴는 Zotero 창 상단의 톱니바퀴 모양()의 '동작(Actions)' 버튼을 클릭하여 '환경설정(Preferences)'을 선택한다. Firefox 버전의 Zotero에서는 도구(Tools) 메뉴에서 '부가기능(Add-ons)' 내에서도 '설정(Options)' 버튼을 누르면 환경설정으로 연결된다. Standalone 버전에서도 도구(Tools) 메뉴에서 '옵션(Options)'을 선택하여 환경설정으로 접근할 수 있다.

환경설정은 아래와 같은 메뉴 탭으로 구성되어 있다.

• 일반(General) - 사용자 인터페이스나 기타 일반적인 기능을 설정한다.
• 동기화(Sync) - Zotero 서버와 파일 등 동기화와 관련한 계정을 설정한다.
• 검색(Search) - PDF 원문 색인을 활성화하고 관련 통계를 보여준다.
• 내보내기(Export) - 참고문헌 생성을 위한 스타일을 지정한다.
• 인용(Cite) - 참고문헌 스타일을 추가하거나 제거한다.
• 프록시(Proxies) - 프록시 서버를 설정한다( Standalone버전은 해당없음)
• 단축키(Shortcut Keys) - 단축키를 설정한다
• 고급(Advanced) - 데이터베이스나 파일 저장위치를 설정한다.

Zotero 환경설정 창에 보여지는 설정 뿐아니라 Firefox나 Standalone의 'about:config' 페이지를 통해 숨은 환경설정(hidden preferences)을 통해 더 많은 설정이 가능하다.