Muchas características de Zotero se pueden personalizar a través de la ventana de preferencias. Se puede acceder a la ventana a través del panel de Zotero, clicando en el botón “Acciones” (el icono 'rueda' ) en la parte superior de la columna izquierda, y seleccionando la opción “Preferencias…”. Con Zotero para Firefox, puedes seleccionar “Complementos” en el menú “Herramientas” de Firefox, buscar la entrada para Zotero y clicar en el botón “Opciones”. Con Zotero para escritorio también puedes acceder a las preferencias seleccionando “Opciones…” en el menú “Herramientas”.

Las preferencias en la ventana de preferencias se dividen en las siguientes pestañas:

• General - ajusta la apariencia y configura características diversas.
• Sincronizar - establece tu nombre de usuario, contraseña y (si lo deseas= un servidor WebDAV para sincronización
• Buscar - activa o desactiva la indexación de texto completo de PDFs y visualiza estadísticas relevante.
• Exportar - especifica como se generan las bibliografías
• Citar - añadir y eleiminar estilos de citación
• Servidores proxies - establece la configuración del servidor proxy (no disponible en Zotero para escritorio)
• Atajos - configuración de atajos de teclado para Zotero
• Avanzadas - ubicación del almacenamiento, integridad de la base de datos

Además de las preferencias que se muestran en la ventana de preferencias, Zotero tiene un cierto número de preferencias ocultas que sólo pueden cambiarse a través de la página about:config de Firefox o Zotero para escritorio.