Di samping menyimpan item dan melampirkan file, Anda juga dapat menyimpan catatan di dalam perpustakaan Zotero. Catatan yang disimpan dapat berupa catatan anak, yakni catatan yang terkait dengan item spesifik, dan catatan mandiri. Catatan disinkronisasikan bersamaan dengan metadata item, searchable, dan mendukung format HTML (Zotero menggunakan editor HTML TinyMCE untuk menyunting catatan).

Untuk membuat catatan anak, pilihlah sebuah item pada kolom tengah. Setelah itu, klik tombol “New Note” yang terletak pada bagian atas kolom tengah () dan pilihlah “Add Child Note”. Cara lainnya, klilk tab “Notes” pada kolom kanan dan lalu klik tombol “Add”. Anda juga dapat mengklik-kanan sebuah item (atau klik-kontrol pada OS X) dan lalu memilih “Add Note”.

Catatan akan dibuat sebagai lampiran terhadap item tersebut (catatan tsb juga akan tampak di bawah tab “Notes”), ketika Anda mengkliknya, sebuah editor catatan akan tampak pada kolom kanan. Anda juga dapat memunculkan jendela editor yang terpisah dengan cara mengklik tombol “Edit in a separate window” yang terletak pada bagian bawah editor. Teks di dalam catatan akan disimpan secara automatis, langsung ketika Anda mengetiknya.

Catatan mandiri bekerja serupa dengan catatan anak, tetapi tidak terkait secara langsung dengan item apapun di dalam perpustakaan Anda, dan akan tampak bersamaan dengan item-item lainnya di dalam perpustakaan Anda. Untuk membuat item mandiri, kliklah tombol “New Note”, lalu pilih “New Standalone Note”.

Dengan menggunakan Zotero for Firefox, Anda juga dapat membuat catatan secara langsung dari laman web yang Anda kunjungi di dalam Firefox. Caranya, tandai teks yang ingin Anda salin ke dalam catatan, kemudian klik-kanan (kontrol-klik pada OS X), lalu pilih “Zotero” di dalam menu pop-up, dan pilihlah “Create Zotero Item and Note from Selection”. Prosedur ini akan membuat sebuah item “Web Page” baru di dalam perpustakaan Anda untuk laman web yang telah Anda kunjungi, dan sebuah lampiran catatan yang berisi teks yang telah Anda tandai tadi.

Sebagaimana item lainnya di dalam Zotero, catatan dapat di-tag-kan dan direlasikan dengah item lainnya. Kedua fitur tersebut dapat diakses melalui bagian bawah editor catatan.

Sementara tidak mungkin untuk mencari catatan ketika menggunakan editor catatan, konten catatan dapat dicari dengan menggunakan pencarian Zotero regular. Untuk mencari teks sebuah catatan, lakukan prosedur berikut pada Zotero for Firefox: klik-kanan catatan, dan pilihlah “Generate Report from Selected Item…”. Laporan catatan akan terbuka di dalam tab Firefox, dan teks yang terdapat di dalamnya dapat kemudian dicari dengan mengunakan tool pencarian teks Firefox standar.