Avant d'avancer dans les détails de la localisation ou de la récupération de votre bibliothèque, il est crucial que vous compreniez bien de quoi est faite votre bibliothèque. L'intégralité de votre bibliothèque est stockée par défaut dans le répertoire 'zotero' de votre profil Firefox. Dans ce répertoire se trouvent deux éléments cruciaux : le fichier zotero.sqlite et le dossier 'storage'. Le fichier zotero.sqlite contient l'essentiel de vos données : informations sur les items, notes, marque-pages… Le dossier 'storage' contient les documents attachés : PDF, captures d'écran, fichiers audio ; en bref, tous les fichiers que vous avez pu importer.

Ces fichiers de données sont différents des fichiers RDF (par exemple “Elements_exportes.rdf”) créés par la fonction d'exportation de Zotero. Bien sûr, vous pouvez importer des données depuis un fichier RDF, mais restaurer directement vos données est une méthode plus précise et plus fiable.

Attention: Avant de copier, d'effacer ou de déplacer n'importe lequel de ces fichiers, assurez-vous d'avoir quitté Firefox. Ne pas quitter Firefox avant l'une de ces opérations pourrait conduire à des dégâts sur vos données.

La méthode la plus rapide et la plus fiable pour localiser votre répertoire de données Zotero est d'utiliser le bouton “Afficher le répertoire contenant les données” dans l'onglet Avancées de la fenêtre de préférences Zotero.

Par défaut, les données Zotero sont stockées dans votre profil Firefox, dans des répertoires variables selon votre système d'exploitation (dans la plupart des cas, vous devrez sélectionner “Montrer les fichiers et dossiers cachés” pour pouvoir accéder à votre profil Firefox)

Sur un Mac :
/Users/<nom_d'utilisateur>/Bibliothèque/Application Support/Firefox/Profiles/<caracteres_aleatoires>/zotero

Sous Windows 2000/XP :
C:\Documents and Settings\<nom_d'utilisateur>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<caracteres_aleatoires>\zotero

Sous Windows Vista :
C:\Users\<nom_d'utilisateur>\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\<caracteres_aleatoires>\zotero

Sur la plupart des distributions Linux :
~/.mozilla/firefox/<caracteres_aleatoires>/zotero

Vous pouvez également lancer une recherche sur le terme zotero.sqlite sur votre disque dur.

Si vous avez déterminé un répertoire personnel dans l'onglet Avancées des préférences Zotero, vos données seront stockées ailleurs. Mais le bouton “Afficher le répertoire contenant les données” vous indiquera toujours la localisation du répertoire en cours d'utilisation.

Quelquefois, après des mises à jour ou des restaurations de système, les utilisateurs qui lancent Zotero et trouvent leur bibliothèque quasi-vide. Ne paniquez pas si cela vous arrive : dans la quasi-totalité des cas, le problème fondamental est que Zotero ne recherche pas vos données dans le bon répertoire. Vous devez donc vous assurer que Zotero recherche vos fichiers au bon endroit, et que les bon fichiers se trouvent bien là.

Une bibliothèque peut aussi apparaître vide du fait de conflits d'extensions ; vérifiez que vous n'utilisez pas une des extensions incompatibles, et désactivez vos autres extensions Firefox si vous êtes sûr que Zotero recherche au bon endroit

Parfois, lors de mises à jours, Firefox crée un nouveau profil ; si vous remarquez que vos marques-pages et votre historique ont changé ou disparu, il est probable que c'est ce qui s'est produit. Vous pouvez utiliser le Gestionnaire de Profils Firefox pour vous assurer que vous utilisez le bon profil.

Utilisez le bouton “Afficher le répertoire contenant les données” de l'onglet Avancées des préférences Zotero pour afficher le répertoire de données actuel. S'il ne s'agit pas du répertoire auquel vous vous attendiez, vous pouvez soit spécifier un autre répertoire dans l'onglet Avancées des préférences Zotero ou, après avoir quitté Firefox/Zotero Standalone, déplacer les fichiers zotero.sqlite et 'storage' qui se trouvent dans ce répertoire et les remplacer par ceux que vous désirez utiliser. Si vous n'êtes pas sûr de l'endroit où se trouvent vos données, il est judicieux de rechercher des versions plus volumineuses de zotero.sqlite ou zotero.sqlite.bak, stockées ailleurs sur votre disque et de rechercher les dossiers (PDF ou autres) récemment sauvegardés dans le dossier 'storage'.

A moins d'avoir une excellente raison d'utiliser une localisation personnalisée pour les répertoires de données, nous vous recommandons d'utiliser la localisation par défaut dans votre profil Firefox.

Lorsque vous déterminerez une localisation personnalisée pour votre répertoire de données, souvenez vous que Zotero ne déplacera ni ne copiera ces données. Vous devrez déplacer vos données dans la localisation que vous avez choisie. Par ailleurs, lorsque vous spécifierez un dossier déjà existant pour votre répertoire de données, assurez-vous de sélectionner le dossier qui contient le fichier zotero.sqlite et le dossier 'storage', pas le dossier 'storage' lui-même.

Et enfin, souvenez-vous qu'il est nécessaire de quitter Firefox/Zotero Standalone avant d'apporter quelque modification que ce soit aux fichiers Zotero.

Assurez-vous tout d'abord d'avoir quitté Firefox/Zotero Standalone. Ensuite, copiez votre répertoire Zotero sur votre emplacement de sauvegarde, préférentiellement sur un autre disque. Vous pouvez localiser le répertoire de données en ouvrant les préférences de Zotero, sous le menu Actions (icône d'engrenage ) puis en cliquant “Afficher le répertoire contenant les données” dans l'onglet Avancées. Le répertoire de données Zotero contient à la fois la base de données et tous les fichiers en rapport (images, PDFs, pages web, etc.).

Comme pour toutes les données importantes, il est judicieux de sauvegarder vos données Zotero régulièrement.

Si quelque chose de dramatique arrive à votre ordinateur (fonte du disque dur, vol…), vous pourrez simplement copier le contenu sauvegardé dans votre répertoire de données Zotero actif.

Tout d'abord, réinstallez Zotero depuis zotero.org si nécessaire. Après avoir redémarré Firefox/Zotero Standalone, ouvrez l'onglet Avancées des préférences Zotero et cliquez sur “Afficher le répertoire contenant les données”. Cela fera apparaître un dossier contenant un fichier nommé zotero.sqlite et peut-être un dossier 'storage'. Quittez Firefox/Zotero Standalone et déplacez zotero.sqlite et 'storage' de ce dossier vers un dossier temporaire sur votre bureau. Ensuite, copiez zotero.sqlite et 'storage' de votre sauvegarde vers le dossier révélé par “Afficher le répertoire contenant les données”. Lorsque vous relancez Firefox/Zotero Standalone, votre bibliothèque Zotero doit être fin prête.

Une fois que vous avez restauré vos données avec succès, vous pouvez supprimer le dossier temporaire sur votre bureau.

A chaque fois que vous quittez Firefox/Zotero Standalone, et lorsque votre ordinateur est inactif, Zotero réalise une copie de sauvegarde de votre bibliothèque si la dernière sauvegarde date de plus de 12 heures. Si vous faites une erreur grave pendant que vous utilisez Zotero—par exemple, si vous effacez accidentellement une partie importantes de vos données—, vous pouvez revenir à la dernière sauvegarde.

Tout d'abord, sans quitter Firefox, cliquez sur “Afficher le répertoire contenant les données” dans l'onglet Avancées des préférences Zotero afin de révéler votre répertoire de données, et faites une copie du fichier zotero.sqlite.bak nommé zotero.sqlite.new. Ensuite, dans Zotero, sélectionnez tous les items que vous avez ajoutés depuis votre dernier démarrage de Firefox (une sauvegarde de recherche pourrait alors vous être utile), faites un clic droit sur ces items, et choisissez “Exporter les documents sélectionnés (“Export Selected Items…”), et exportez-les en Zotero RDF. Quittez Firefox. Dans votre répertoire de données, renommez zotero.sqlite en zotero.sqlite.old, renommez zotero.sqlite.new en zotero.sqlite, et relancez Firefox/Zotero Standalone. Vous devriez retrouver la version précédente de vos données. Pour terminer, importez le fichier RDF que vous avez créé pour restaurer les données ajoutées depuis le précédent démarrage.