Beaucoup de fonctions de Zotero peuvent être personnalisées via la fenêtre des préférences de Zotero. Pour ouvrir les préférences, cliquez sur le menu “Édition → Préférences” (sur Windows ou Linux) ou “Zotero → Préférences” (sur Mac). Vous pouvez aussi utiliser le raccourci clavier Ctrl/Cmd-,.

La fenêtre de préférences est divisée en différents panneaux.

• Générales - Ajuster l'apparence, les paramètres d'importation et d'autres fonctions générales.
• Synchronisation - Configurer la synchronisation des données et des fichiers.
• Recherche - Activer ou désactiver l’indexation du texte intégral des fichiers PDF et visualiser les statistiques correspondantes.
• Exportation - Définir les paramètres par défaut pour la génération des bibliographies et des citations.
• Citer - Ajouter, retirer, modifier et prévisualiser les styles bibliographiques, et installer les modules de traitement de texte.
• Avancées - Localisation des données Zotero, rechercher dans la bibliothèque, et autres paramètres avancés.

En plus des préférences affichées dans la fenêtre des préférences de Zotero, il existe un certain nombre de préférences cachées (page en anglais) qui ne peuvent être modifiées que par le biais de l'Éditeur de configuration, accessible depuis l'onglet “Préférences → Avancées → Général”.