شما می‌توانید افزون بر اقلام و فایل‌های پیوست شده، یادداشت‌های خود را نیز به دو صورت به کتابخانۀ زوترو بیافزایید: یادداشت‌های وابسته که مربوط به یک قلم خاص هستند و یادداشت‌های مستقل. یادداشت‌ها به عنوان ابرداده در نظر گرفته می‌شوند و به‌هنگام‌سازی می‌شوند. همچنین قابل جستجو بوده و قالب‌بندی
HTML
را نیز پشتیبانی می‌کنند (زوترو از ویرایشگر متن تاینی ام سی ای استفاده می‌کند).

برای ایجاد یک یادداشت وابسته ابتدا یک قلم را از ستون میانی انتخاب کنید. از سه راه می‌توان به قلم مورد نظر یک یادداشت افزود: راه نخست آن است که بر روی دکمۀ
“New Note” ()
بالای ستون میانی کلیک کرده و گزینۀ
“Add Child Note”
را انتخاب کنید. راه دوم آن است که برگۀ
“Notes”
را از ستون سمت راست انتخاب کرده و گزینۀ “افزودن” را انتخاب نمائید. راه سوم آن است که بر روی قلم مورد نظر راست کلیک (در سیستم عامل مک کنترل-کلیک) کرده و گزینۀ
“Add Note”
را انتخاب کنید.

یک یادداشت به عنوان یک پیوست به قلم مورد نظر شما افزوده می‌شود (همچنین در برگۀ “یادداشت‌ها” نیز نمایش داده می‌شود.) و یک ویرایشگر متن در ستون سمت راست پدیدار می‌گردد. می‌توانید پنجرۀ ویرایش متن را با کلیک بر روی دکمۀ
“Edit in a separate window”
در بالای ویرایشگر، به یک پنجرۀ مستقل منتقل کنید. متنی که در ویرایشگر وارد می‌کنید به صورت خودکار هنگام تایپ ذخیره می‌شود.

یادداشت‌های مستقل مانند یادداشت‌های وابسته هستند اما مستقیماً به هیچ کدام از اقلام کتابخانۀ شما وابسته نیستند و خود به صورت یک قلم در کتابخانه نمایش داده می‌شوند. برای ایجاد یک یادداشت مستقل بر روی گزینۀ
“New Note”
کلیک کرده و گزینۀ
“New Standalone Note”
را انتخاب کنید.