あるファイルの複製を保存するためには、ファイル・ブラウザからそのファイルをZotero画面にドラッグし、一番左側の列にあるコレクションにドロップする、または中央の列のライブラリ中のアイテムの中にドロップするだけです。ファイルをコレクションの中にドロップする、あるいはライブラリ・アイテムの間にドロップすると、複製は独立したアイテムとして生成されます。そのファイルを既存のライブラリ・アイテムの上にドロップすると、そのファイルはそのアイテムに添付されます。これらの関連づけられたファイルは、アイテムの隣に見える矢印をクリックすることで見ることができます。

あるファイルの複製は、Firefox上でそのファイルへのリンクを右クリックし（あるいは画像の場合にはその画像の真上で右クリック）、「リンク先（画像）をZoteroスナップショットとして保存」を選ぶことでも保存することが出来ます。

複製保存やリンクは「新しいアイテム」ボタンをクリックして、「ファイルのコピーを保存する」または「ファイルへのリンクを作成」の片方を選ぶことでも生成することができます。ただし、この操作は常に独立したアイテムを生成します。

「新しい子を添付」ボタンをクリックすることで、アイテムへの添付を追加することが出来ます。このボタンは、ゼムクリップのように見えるものです。これによって、リンクの追加とファイルの追加のために異なる選択肢が表示されます。これらの選択肢によって、コンピューター上のあるファイルの新しい複製、またはそのファイルへのリンクを保存することが出来ます。また現在のFirefoxページへのリンク、またはそのページのスナップショットを保存するもできます。独立した状態の子アイテムを既存の親アイテムの上にドラッグすることによって、その子アイテムを親アイテムに関連づけることもできます。

Zoteroライブラリの中に保管されているすべてのファイルはFirefoxプロファイルフォルダ野中のひとつのフォルダの中に維持されています（設定の「詳細」タブによって他の保存場所が指定されていない場合に限ります）。その保管フォルダの中で、個々のファイルはそれ自体のためのサブディレクトリを持っていて、それらはランダムな8文字で名前がつけられています。そのため、このファイルを通常のファイルブラウザで閲覧するのは推奨できません。しかし、この階層より下位においては、ファイルは分かりやすく命名されているため、ファイルを検索することは少なくとも可能でしょう。しかしながら、これらよりももっと簡単なのは、Zoteroを通じてこれらのファイルを利用することでしょう。アイテムをZotero上で選択し、右の列の「ファイルを表示」ボタンをクリックすることで、ファイルブラウザが開き、そのファイルのある場所へと連れて行ってくれます。