Il selettore dei tag si trova in fondo alla colonna di sinistra. Mostra tutti i tag che sono stati aggiunti agli oggetti della colonna centrale (per mostrare tutti i tag della libreria, clicca sul bottone molti-colore e seleziona “Display All Tags in This Library”). Selezionando uno o più tag nel selettore, solo gli oggetti contententi i tag selezionati sono mostrati nella colonna centrale. Cliccando nuovamente un tag selezionato lo deselezionerà. Per deselezionare tutti i tag simultaneamente, clicca il bottone multi-colore e scegli “Deselect All”.

La casella in fondo al selettore può essere usata per cercare i tag. Solo i tag contenenti la stringa immessa sono mostrati.

Il selettore permette di rinominare e cancellare i tag. Per rinominare un tag su tutti gli oggetti, clicca col destro sul tag (control-clic su OS X) e scegli “Rename Tag…”. Per cancellare un tag da tutti gli oggetti, clicca con il destro sul tag e scegli “Cancella Tag…”. Per assegnare un tag a più oggetti contemporaneamente, trascina una selezione di oggetti dalla colonna centrale su un tag nel selettore.

Per aggiungere manualmente un tag ad un oggetto, seleziona l'oggetto nella colonna centrale. Poi seleziona la scheda “Tags” nella colonna di destra e clicca il bottone “Add”. Dai un nome al tag e premi Invio. Puoi rinominare un tag cliccandoci sopra, e cancellarlo con il bottone “-”. Quando hai aggiunto il tag esso apparirà nel selettore nella colonna di sinistra

Fino a 6 tag possono essere assegnati a colori e numeri. Tag numerati possono essere aggiunti e rimossi velocemente utilizzando il tasto numerico corrispondente nella tastiera. Per ulteriore documentazione visitare Colored Tags (in Inglese).

Quando oggetti vengono salvati nella libreria di Zotero tramite un importatore, i tag vengono a volte aggiunti automaticamente. Ad esempio, i cataloghi OPAC forniscono i titoli per le loro pubblicazioni, i quali vengono salvati da Zotero come tag. Tag automatici hanno lo stesso comportamento dei tag manuali.

I tag automatici possono essere nascosti dal selettore dei tag cliccando sul bottone multi-colore a sinistra della casella del selettore, e deselezionando “Show Automatic”. Per evitare che Zotero aggiunga tag automatici, deseleziona “Automatically tag items with keywords and subject headings” nella scheda “General” delle impostazioni di Zotero.