Actuellement, il existe deux verisons de Zotero téléchargeables: Zotero 1.0 and Zotero 2.0 Beta. Zotero 2.0 Beta offre de nombreuses fonctions nouvelles et excitantes, mais le développement en cours pourrait engendrer des problèmes mineurs pour quelques utilisateurs détaillés ci-dessous.

* Synchronisation et sauvegarde des bibliothèques Zotero * Détection automatique des métadonnées PDF * Notes formatées * Créer et joindre des groupes publics et privés sur n'importe quel sujet * Accéder en temps réel au nouveaux documents de recherche de votre groupe sur le web ou depuis l'interface de Zoteo * Déplacer facilement des documents d'un groupe dans votre bibliothèque personnelle * Détection automatique et supprt des serveurs proxy * Corbeille avec fonction de restauration * Support pour les exports au format Endnote®

* 1.0 Word Processor Plugins * 2.0 Beta Word Processor Plugins

Zotero 2.0 Beta a déjà été testé par des milliers d'utilisateurs au cours des derniers mois, et nous estimons qu'il est prêt pour un déploiement plus large. Nous avons aussi ajouté des fonctionnalités automatiques dans Zotero 2.0 Beta pour protéger l'utilisateur contre la perte de données. Cependant, nous ajoutons encore des fonctionnalités à l'outil de synchronisation de Zotero, et il existe toujours un risque de perdre vos données. Si ce message vous effraie un peu, continuez à utiliser Zotero 1.0.x pour le moment. Lors de l'utilisation de Zotero 2.0 Beta, nous vous recommandons fortement de sauvegarder back up vos données régulièrement.

Si vous utilisez déjà Zotero 1.0, il existe plusieurs facteurs additionnels à prendre en compte lors de la mise à jour, discutés ici.