Zoteroがどのようにデータを保存するかをきちんと理解しておくことは、正しくZoteroライブラリのバックアップを取るために、そしてまた悲劇が起こったときには、そこから復元するために、とても大切です。初期設定では、あなたの全Zoteroライブラリは、あなたのFirefox プロファイルの中のZoteroフォルダに保存されます。このフォルダの中で一番重要なファイルは、zotero.sqliteファイルで、これはあなたのデータの大半（アイテムのメタデータ、メモ、タグ、など）を含んでいます。このフォルダの中には、'storage'サブフォルダがあり、これはすべての添付ファイル、PDFやウェブのスナップショット、音声ファイル、その他あなたが取り込んだあらゆるファイル（リンクされたファイルはこのサブフォルダにはコピーされていないことに注意してください）を含んでいます。

あなたの'Zotero'フォルダはおそらくほかにもいくつかのファイルを含んでいるでしょう。これらの中には zotero.sqlite.bakファイル (自動的に生成される zotero.sqlite のバックアップで、Firefoxを終了するたび、あるいはすでにあるzotero.sqlite.bak が最後に更新されてから12時間経過した場合に更新されます)、zotero.sqlite.[number].bak ファイル（自動的に生成されるzotero.sqliteのバックアップで、Zoteroの更新の際に作られます）が含まれます。

警告: これらのファイルのいずれもを複製、削除または移動する前に、Firefoxが閉じていることを必ずご確認ください。Firefoxを閉じずにこれらのファイルを移動するとデータを破損する恐れがあります。

Zoteroライブラリの保存フォルダを見つけるための最も手軽で信頼できる方法は、Zotero設定ウインドウの詳細タブで“Show Data Directory” ボタンを使うものです。

初期設定ではZoteroのデータは、OS によって異なりますが、以下の場所に保存されます。これらの場所はOSによっては隠されているかもしれません。

Zoteroの設定ウインドウで、任意の保存場所を指定した場合は、データは別の場所に保存されることになります。“Show Data Directory” ボタンは常に現在使用中のデータの保存場所を示します。Zotero設定ウインドウを開くことができないときは、'zotero.sqlite'を検索するとZoteroデータ・フォルダの場所を突き止めることに役立つでしょう。

Zotero for Firefox stores data within the Firefox profile directory by default.

Mac OS X:

/Users/<username>/Library/Application Support/Firefox/Profiles/<randomstring>/zotero

Windows Vista および Windows 7:

C:\Users\<User Name>\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\<randomstring>\zotero

Windows 2000 および Windows XP:

C:\Documents and Settings\<username>\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\<randomstring>\zotero

多くの Linuxディストリビューション:

~/.mozilla/firefox/Profiles/<randomstring>/zotero

Mac OS X:

/Users/<username>/Library/Application Support/Zotero/Profiles/<randomstring>/zotero

Windows Vista および Windows 7:

C:\Users\<User Name>\AppData\Roaming\Zotero\Profiles\<randomstring>\zotero

Windows 2000 および Windows XP:

C:\Documents and Settings\<username>\Application Data\Zotero\Profiles\<randomstring>\zotero

多くの Linuxディストリビューション:

~/.zotero/Profiles/<randomstring>/zotero

あなたのZotero ライブラリをバックアップするには、 Zotero ライブラリの保存場所を確かめ、Firefoxを閉じて、「Zotero」フォルダをバックアップ先（理想的には別の保存機器）にコピーしてください。すべての重要なデータに当てはまることですが、Zoteroデータを頻繁にバックアップすることが推奨されます。

警告 — 同期: 同期機能はバックアップの代わりにはなりません。たとえば、もしあなたが誤ってライブラリの中の項目を削除してしまい、さらにZoteroライブラリを同期してしまった場合、こうして失った項目をZoteroサーバから復元することはできないでしょう。

警告 — インポート/エクスポート: Zoteroは、ZoteroライブラリをZotero RDFファイルとして書き出すことができます。しかし、RDF形式による書き出しと読み込みは、あなたのライブラリの完全なコピーにはなりませんし、バックアップの方法としては推奨できません。

詳細なバックアップの図解についてはthis guide provided by the Northwestern University libraryを御覧ください。

オリジナルのZoteroライブラリを失ってしまった場合（たとえばハードドライブが壊れた、あるいはコンピューターが盗まれた）、あなたのライブラリは、バックアップ済みのZoteroデータ・フォルダを、現在使用中のZoteroフォルダとすり替えることで、復元することができます。

まず、もし必要ならばZoteroをzotero.org から再インストールしてください。Firefoxを再起動した後で、Zotero設定ウインドウの詳細タブを開き、“Show Data Directory”ボタンをクリックしてください。これによりzotero.sqliteと、場合によっては'storage' サブフォルダを含むフォルダが表示されます。Firefoxを閉じて、zotero.sqlite と'storage' をこのフォルダから、デスクトップの一時的な保存用フォルダに移動してください。次に、zotero.sqlite と 'storage'をバックアップの中から、現在使用中のZoteroデータフォルダへとコピーしてください。Firefox を次に起動すると、ライブラリが復元されている筈です。

データの復元に成功したら、一時保存フォルダは削除して構いません。

Zoteroを使いながら致命的な失敗を犯してしまった場合、たとえば、誤って大量のアイテムを一度に消去してしまった場合、最新自動生成されたバックアップの状態へと復元することができます。

1. まず、Firefoxが動作中であることを確認してください、というのは、Firefoxを終了するときに、自動生成のバックアップは上書きされてしまう恐れがあるためです。次に、 Zotero ライブラリの場所を調べ、 zotero.sqlite.bakファイルの複製を作り、zotero.sqlite.newと名前を付けてください。
2. これは任意ですが、Zoteroで、最後にFirefoxを立ち上げてから追加したアイテムをどれでも選択して（saved searchが役に立つでしょう）、その選択されたアイテムを右クリックし、“Export Selected Items…“を選び、Zotero RDFとして書き出し（エクスポートし）ます。
3. Firefoxを閉じてください。あなたのデータ・フォルダの中で、zotero.sqlite を zotero.sqlite.oldへ、zotero.sqlite.new を zotero.sqlite へと名前を変更し、Firefoxを立ち上げてください。バックアップから復元されたデータが見えるはずです。
4. アイテムを書き出し（エクスポート）していたら、そのRDFファイルを読み込み（インポート）、最後のFirefoxセッションの間に追加された分のデータを復旧してください。

復元の結果に満足であれば、zotero.sqlite.oldファイルを削除して構いません。

Zoteroは、新しいバージョンをインストールするときに（たいていは大きな更新の場合）データベースの更新を促すことがあります。後で、古いバージョンに戻りたいときには、この更新の際にZoteroが自動生成したバックアップを使って、手動でデータベースを置き換える必要が生じます。多くの場合このバックアップは、Zoteroデータ保存フォルダ内の、最も大きい番号のついた”zotero.sqlite.[番号].bak”ファイルです。

変更を加える前にZoteroデータ保存フォルダ全体のバックアップを取っておくことがよいでしょう。

もしZoteroサーバとデータを同期してしまっていたら、以前のバージョンに戻すのは、古いバージョンをインストールし、Firefoxを終了し、Zoteroデータ保存フォルダ内の“zotero.sqlite”を“zotero.sqlite.[最大の番号].bak”で置き換え、Firefoxを起動するだけです。（もし更新されたデータベースを古いバージョンで開こうとするとZoteroはエラーを表示します。Firefoxを閉じて、SQLite ファイルの置き換えを行ってください。） するとZoteroは、Zoteroサーバと同期して最後に古いデータベースを使用してから行ったあらゆる変更を反映します。

もし同期機能をお使いでない場合、データベースの更新の後に追加されたすべてのアイテムをZotero RDFにエクスポートしておき、古いバージョンに戻してからこれらをインポートするとよいでしょう。あなたのライブラリを作成日順に並べ替えすると、これらのアイテムを見つけやすいでしょう。

一度より新しいバージョンのZoteroを使用したワードプロセッサ文書は、古いバージョンのZoteroと組み合わせて利用することができない場合が多いので注意してください。

しばしば、更新の後で、あるいはシステムの復旧の後で、Zoteroを立ち上げるとあなたのライブラリがほぼ空っぽになっていることがあります。これを体験すると焦るかもしれませんが、慌てないでください。ほとんどすべての場合、Zoteroがあなたのデータを探すために間違った場所を参照していることが原因です。あなたのZoteroファイルの正しい保存場所をZoteroが参照しているか、そして正しいファイルがその場所に存在しているか、確認してください。（アドオンによる衝突によって、ライブラリが空に見える場合もあります。known incompatible extensionsで既知の不適合なアドオンを確認し、もしZoteroが正しい場所を参照していることが確かなら、他のFirefoxアドオンを無効化してみてください。）

更新の際にしばしばFirefoxは新しいプロファイルを作ることがあります。（もしブックマークや閲覧履歴が変わってしまったり、消えてしまったことに気づいたら、これが起こった可能性が高いでしょう。） Firefox Profile managerを使って、正しいプロファイルを使用していることを確かめることができます。

Zotero環境設定の詳細タブの「データ保存フォルダを表示」ボタンを使って、現在のデータ保存フォルダを表示してください。もしこれが予想していたフォルダとは違う場合、別のデータ保存フォルダを環境設定の詳細タブで指定するか、あるいは、Firefoxを終了してから既存のZoteroファイル(zotero.sqlite と 'storage')を表示されたフォルダへすべてコピーしてください。もしご自分のデータがどこにあるのか分からない場合は、ハードディスクのどこかにある、より大きい zotero.sqlite または zotero.sqlite.bakを検索し、'storage'フォルダの中を見て最近保存したPDF等があるか確かめるとよいでしょう。

特にデータ保存フォルダの場所をカスタム指定したい理由がない限り、初期設定のFirefoxプロファイルの中を使用することを推奨します。

データ保存フォルダをカスタム指定するとき、Zoteroはデータを一切移動もコピーもしないということに留意してください。指定されたフォルダにデータをコピーする必要があります。また、データ保存フォルダの場所を既存のフォルダに指定するときは、'storage'フォルダ自体ではなく、zotero.sqlite と 'storage'を含む親フォルダを指定するように注意してください。

最後に、Zoteroファイルにいかなる変更を加えるときも、まずFirefoxを終了してから行うように念押ししておきます。