Zoteroワープロ・プラグインは、「デフォルト」(LibreOffice/OpenOfficeの場合)スタイルまたは「標準」 (Wordの場合) スタイルを、生成された出典表記や挿入先の段落に適用します。文献目録は別のスタイル「Bibliography」で出力されます。このため、Zoteroで出典を挿入することによって、段落全体の書式設定（インデントや行間、文字サイズなど）を崩してしまい、出典が望ましくないフォントや書式で表示されることもあります。ご自分のワードプロセッサ・ソフトウェア上で、標準スタイル（出典表記）またはBibliographyスタイル（文献目録）を編集することでこのような書式設定の問題を修正することができます。

「スタイルと書式」ツールバー（「標準」「本文」「見出し１」などが並ぶプルダウンメニュー）が開いているなら、「標準」または「Bibliography」スタイルを右クリックすることで書式設定をすることができます。書式設定ツールバー、または書式メニューから、「スタイルと書式」ツールバーを開くことができます。

Microsoftの公式の手引きや スクリーンショット付きの解説 も御覧ください。

「ホーム」タブの中の、「フォント」タブをクリックしてお好みのフォントを選択し、フォント設定ウィンドウ下部の「規定に設定」をクリックしてください。段落の書式設定（行間、インデントなど）は「段落」タブについて同様の手順で行うことができます。「スタイル」タブもあり、ここで「標準」スタイル、「Bibliography」スタイルの編集を行うことができます。 こちらのスクリーンショットも御覧ください。

LibreOfficeでは、「書式→スタイルと書式設定」から、またはF11キー（OpenOffice の場合F12キー）を押して、スタイルマネジャーを開いてください。「標準」または「Bibliography」を右クリックして「編集」を選びスタイルをお好みに変更してください。