Zotero permet la création de plusieurs profils, chacun avec ses propres données Zotero et options de configuration. Les profils Zotero fonctionnent comme les profils Firefox, pour ceux qui les connaissent.

Au premier démarrage de Zotero, un profil par défaut est créé. Pour créer un nouveau profil, il faut lancer Zotero de la ligne de commande utilisant les mêmes étapes que pour (pour le débogage), en remplaçant -ZoteroDebug par -P afin d'ouvrir le gestionnaire de profils.

Dans ce gestionnaire, vous pouvez créer, modifier ou supprimer des profils.

Si vous utilisez le répertoire de données par défaut, le nouveau profil utilisera ce même répertoire de données à sa première ouverture. Vous verrez donc toutes les références de votre autre profil. Il faut créer un nouveau répertoire - par exemple “Zotero au travail” — puis, dans le nouveau profil, modifier l'emplacement du répertoire de données via Préférences > Avancées → Fichiers et dossiers > Personnalisé.

Vous pouvez utiliser la ligne de commande pour ouvrir directement un profil en précisant son nom après le -p (par ex. : -p Travail où Travail est le nom du profil), ce qui permet de créer des raccourcis ouvrant un profil en particulier. (Sur Mac, vous pouvez enregistrer un AppleScript intégrant les invites de commandes en tant qu'application dans Script Editor).

Notez enfin qu'une configuration complémentaire peut être requise pour (utiliser plusieurs instances Zotero en même temps).