پس از نصب دوبارۀ زوترو یا استفاده از نسخۀ فایرفاکس پس از نسخۀ مستقل یا برعکس، ممکن است هنگام باز کردن نرم افزار با خطای زیر مواجه شوید:

This version of Zotero is older than the version last used with your database. Please upgrade to the latest version from zotero.org.

نمایش این پیام نشان می دهد شما می خواهید از یک پایگاه دادۀ جدید در یک نسخۀ قدیمی از نرم افزار استفاده کنید. مثلاً اگر شما قبلاً نسخۀ 4.0.13 فایرفاکس زوترو را نصب کرده باشید و پس از آن نسخۀ 4.0.12 فایرفاکس زوترو را نصب کنید؛ یا اگر نسخۀ فایرفاکس زوترو را به 4.0.13 ارتقا داده اما همچنان از نسخۀ مستقل 4.0.11 استفاده کنید با این پیام خطا مواجه می شوید.

بیشتر نسخه های زوترو از نسخه های قبلی خود پشتیبانی می کنند. اما گاهی برای توسعه دهندگان زوترو لازم است تا تغییراتی در پایگاه داده ای که با نسخه های قبلی کار نمی کند ایجاد کنند.

بهترین راهکار برای حل مشکل، نصب آخرین نسخۀ زوترو از وبگاه رسمی آن zotero.org. (است. (اگر از نسخۀ مخصوص توسعه دهندگان استفاده می کنید باید آخرین نسخۀ XPI توسعه دهندگان را نصب کنید.)

اگر به هر دلیل نمی خواهید یا نمی توانید آخرین نسخه را نصب کنید، می توانید از نسخۀ پشتیبانی که زوترو به صورت خودکار پیش از ارتقای نسخۀ نرم افزار از کتابخانۀ شما تهیه کرده و در دایرکتوری دادۀ زوترو موجود است استفاده کنید. به دنبال فایلی با این ساختار بگردید:

zotero.sqlite.*.bak

که در آن * نشان دهندۀ بیشترین عدد است. مثلاً

zotero.sqlite.77.bak

پنجرۀ زوترو/فایرفاکس را ببندید. فایل

zotero.sqlite

را به یک پوشۀ دیگر منتقل کنید و سپس فایل پشتیبان شماره دار را جایگزین آن کنید (نام آن را تغییر دهید). سپس دوباره زوترو را باز کنید.

اگر اطلاعات مهم و خاصی در کتابخانۀ خود ندارید یا اینکه قبلاً همۀ اطلاعات کتابخانه را با سرور زوترو به هنگام (sync) کرده اید، می توانید با خیال راحت دایرکتوری دادۀ زوترو را پاک کرده و سپس با به هنگام سازی داده ها از طریق سرور زوترو، همۀ اطلاعات خود را بازیابی کنید.