Beaucoup de fonctions de Zotero peuvent être personnalisées via les préférences de Zotero. Pour accéder à la fenêtre des préférences de Zotero, vous pouvez :
La fenêtre de préférences est divisée en différents panneaux :
En plus des préférences accessibles dans la fenêtre des Préférences de Zotero, il existe un certain nombre de préférences cachées qui ne peuvent être modifiées que par le biais de la page about:config de Zotero pour Firefox ou Zotero Standalone.